Hội nghị thượng đỉnh Hồi giáo có sự hiện diện của các quốc vương và nguyên thủ quốc gia và chính phủ của các quốc gia thành viên, được nhóm họp mỗi ba năm. Hội nghị thượng đỉnh Hồi giáo ra quyết định chính sách và chỉ đạo về toàn bộ các vấn đề liên quan đến thực hiện các mục tiêu quy định tại Hiến chương và đánh giá các vấn đề khác liên quan đến các quốc gia thành viên và cộng đồng.[30]

Hội nghị Ngoại trưởng Hồi giáo được tổ chức mỗi năm một lần để kiểm tra một báo cáo tiến triển về thi hành các quyết định của tổ chức trong khuôn khổ chính sách được Hội nghị thượng đỉnh Hồi giáo xác định.

Tổng thư ký được Hội đồng Ngoại trưởng bầu ra, có nhiệm kỳ 5 năm, được tái cử một lần. Tổng thư ký được bầu từ công dân của các quốc gia thành viên theo nguyên tắc phân bổ công bằng về địa lý, luân phiên và cơ hội bình đẳng cho toàn bộ các quốc gia thành viên có quan tâm đến năng lực, tính chính trực và kinh nghiệm.[31]

Ban Thư ký thường trực là một cơ quan chấp hành của Tổ chức, được ủy thác thực thi các quyết định của hai thể chế trên, đặt tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.

• Trung tâm Thống kê, Nghiên cứu và Đào tạo Kinh tế-Xã hội các Quốc gia Hồi giáo (SESRIC) tại Ankara, Thổ Nhĩ Kỳ.
• Trung tâm Nghiên cứu Lịch sử, Nghệ thuật và Văn hóa Hồi giáo (IRCICA), tại Istanbul, Thổ Nhĩ Kỳ.
• Đại học Kỹ thuật Hồi giáo, tại Dhaka, Bangladesh.
• Trung tâm Hồi giáo về Phát triển Mậu dịch, tại Casablanca, Maroc.
• Viện hàn lâm Fiqh Hồi giáo Quốc tế, tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.
• Ban Chấp hành Quỹ Đoàn kết Hồi giáo và Waqf của nó, tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.
• Đại học Hồi giáo tại Niger, tại Say, Niger.
• Đại học Hồi giáo tại Uganda, tại Mbale, Uganda.
• Cơ quan Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Hồi giáo (ISESCO), tại Rabat, Maroc.
• Tổ chức Phát thanh-Truyền hình các Quốc gia Hồi giáo (ISBO) và Thông tấn xã Hồi giáo Quốc tế (IINA), tại Jeddah, Ả Rập Xê Út

• Phòng Công thương Hồi giáo (ICCI), tại Karachi, Pakistan.
• Diễn đàn Kinh tế Hồi giáo Thế giới (WIEF), tại Kuala Lumpur, Malaysia.
• Tổ chức các Thủ đô và Thành phố Hồi giáo (OICC), tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.
• Liên đoàn thể thao của Đại hội Thể thao Đoàn kết Hồi giáo, tại Riyadh, Ả Rập Xê Út.
• Hội đồng Hồi giáo về Trăng lưỡi liềm Quốc tế (ICIC), tại Benghazi, Libya.
• Hiệp hội chủ tàu Hồi giáo (ISA), tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.
• Liên đoàn Thế giới các trường Ả Rập-Hồi giáo Quốc tế, tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.
• Hiệp hội Quốc tế các Ngân hàng Hồi giáo, tại Jeddah, Ả Rập Xê Út.
• Hội nghị Diễn đàn Thanh niên Hồi giáo về Đối thoại và Hợp tác (ICYF-DC), tại Istanbul, Thổ Nhĩ Kỳ.
• Đại hội đồng các Ngân hàng và Thể chế Tài chính Hồi giáo (CIBAFI), tại Manama, Bahrain.
• Viện Tiêu chuẩn và Đo lường các Quốc gia Hồi giáo (SMIIC), tại Istanbul, Thổ Nhĩ Kỳ.[32]